我这边以demo.jar和application-dev.properties配置文件为例

一.将Test1.class和Test2.class替换到jar内部
步骤1：解压原始demo.jar

将两个class文件拷贝到jar目录下后cd到文件目录执行：

jar xf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/
jar xf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/

步骤2：替换或添加class文件

copy Test1.class BOOT-INF/classes/com/test/
copy Test2.class BOOT-INF/classes/com/test/

步骤3：重新打包jar

jar uf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/Test1.class
jar uf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/Test2.class

二、优先加载外部的配置文件application-dev.properties，启动jar应用

java -jar -Dspring.config.location=file:C:/application-dev.properties -Dspring.profiles.active=dev  demo.jar 

另外：
打包包含外部配置文件的jar： 你需要在构建过程中将配置文件包含进jar包。例如，在使用Maven或Gradle构建项目时，可以在资源目录（如src/main/resources）下放置配置文件，这样构建工具会自动将其打包进jar。

1.如果配置文件不在资源目录中，你也可以在打包命令中指定包含外部文件，如在Unix系统上：

jar uf your-jar.jar /path/to/config-file.properties

2.读取jar中的资源配置： 在Java代码中，可以通过getResourceAsStream()方法从jar内部读取配置文件，例如：

InputStream in = getClass().getResourceAsStream("/config-file.properties");
Properties props = new Properties();
props.load(in);

3.运行新的jar文件： 当所有类文件和配置文件都被正确打包到jar后，你可以通过以下命令运行jar：

java -jar your-jar.jar

如果配置文件需要在jar包外独立维护以便于修改，则不能直接将配置文件打包到jar中。这时，你可以在启动应用时通过 -D 参数指定配置文件路径：

java -Dconfig.file=/path/to/config-file.properties -jar your-jar.jar

然后在Java代码中使用 System.getProperty(“config.file”) 获取并加载配置文件路径。这种方式允许用户在不修改jar包的情况下更改配置内容。